Похоже, вы нашли реальный способ избавить ребёнка от страха. Здорово! Именно через смех.
Вы извините за подробности, но у одного близкого мне человека (не называю имя) наблюдалось в детстве такое же сочитание проблем, как у вашего ребёнка. Со штанами и со страхом оставаться в комнате. У него это началось в детстве. Мама его ругала за то, что он какал в штаны, говорила, что это стыдно и все такое. Он лишь своим усилием воли вылез из этого состояния, когда стал старше. По его собственному признанию, ему мама говорила, что если он не прекратит делать конфузы, то ни одна девушка с ним жить не станет. Видимо, это напугало его и он справился. Правда, в более сознательном возрасте потом лечился от запоров.
А вот со страхом темноты разобрался, уже когда взрослым стал. Примерно таким же методом, как вы с сыном работаете. Но сам. Помогло.